Начало городу положил Томский острог, выстроенный в 1604 году отрядом служилых людей. Они прибыли под командованием Г. Писемского и В. Тыркова из Сургута. Для возведения острога было выбрано место на правом берегу реки Томи, давшей имя будущему городу. С трёх сторон это место имело естественные укрепления, реку, болота, крутой обрыв. Четвёртую, северную сторону укрепили при строительстве. Центральную часть острога обнесли деревянными стенами, со сторожевыми башнями и въездными воротами. На башнях стояли пушки и пищали, там постоянно несли караул. Томский острог стал одной из опорных баз для отрядов казаков, двигавшихся дальне, на юг и восток в поиске новых земель и удобных путей к берегам Охотского моря и Тихого океана. Рядом с острогом быстро образовался посад, заселявшийся служилыми людьми и русскими переселенцами, которых власти направляли сюда из Вологды, Великих Лук, Устюга и других городов. Население острога росло быстро. К 1626 году здесь проживало более 500 семей, а в 1646 году их число возросло до 884. С 1629 года Томск уже имел статус города, центра сибирской области. Переселенцы получали участки пахотной земли и выгоны для скота, занимались пушным промыслом, рыбной ловлей, различными ремёслами и торговлей. С местными жителями, принявшими русское подданство, переселенцы жили в мире и согласии. Крепость защищала их от набегов кочевников, а русские крестьяне и ремесленники познакомили коренных сибиряков с неведомыми из ранее зерновыми и техническими культурами, с новыми ремёслами и методами строительства. Теперь на томских землях начали сеять рожь, пшеницу, овёс, на огородах появились капуста, морковь, огурцы, лук, редька и чеснок, а из технических культур возделывали лён и коноплю.
В большинстве русских городов Сибири с местного населения собирался ясак, налог на царскую казну. Ясак платили пушниной. Каждая семья охотника сдавала по 10 соболей. Так было и в Томске, но к концу XVII века вместо ясака на местное население была возложена ямская повинность по перевозу грузов из Томска в Тобольск и обратно. Вместе с русскими казаками и стрельцами коренные сибиряки несли караульную службу, ходили в военные походы на степняков-кочевников, служили “толмачами” – переводчиками.
В XVIII веке русская граница отодвинулась к югу. Строительство пограничных укреплений было перенесено на Северный Алтай. Стратегическое значение Томска уменьшилось, часть гарнизона перевели в Бийскую и Усть-Каменогорскую крепости. Однако гораздо раньше Томск стал не только военным городом, но и приобрёл значение торгово-ремесленного центра Сибири. Этому способствовало его положение на главном Сибирском тракте, по которому через город двигался огромный поток товаров. В Томске постоянно проживало более 10 семей бухарских купцов, привозивших товары из Средней Азии. Здесь они скупали пушнину и сбывали её в среднеазиатских городах. Приезжали в город с товарами и русские купцы. В начале XVIII века около устья реки Ушайки на Томи сложился большой базар.
В 1719 году Томск был причислен к Енисейской, а в 1726 году к Тобольской провинции как уездный центр. С возрастающим значением Сибирского тракта росло значение Томска. К 40-м годам XVIII века на участке тракта от тары до Томска расставили верстовые столбы, построили мосты. Вдоль дороги возникли русские деревни и сёла. Томск становился крупным торговым городом, транзитным центром Сибири. Среди городского населения появлялось всё больше купцов, связанных с иногородней торговлей. Они возили товары на Ирбитскую и Макарьевскую ярмарки, торговали шёлковыми тканями и чаем, привозимыми из Китая. Активнее стало развиваться и городское ремесло. Томские ремесленники делали конскую сбрую, вили верёвки, шили обувь и рукавицы, изготовляли сундуки. В городе стояли десятки кузниц, а в окрестных деревнях мастерили сани, телеги, дуги, колёса, гнали смолу и дёготь. Изделия мастеров везли в Томск. Всё было подчинено потребностям Сибирского тракта, в том числе и извозный промысел, которым занималось немалое число жителей города.
К началу XIX века в Томске проживало 8 тысяч человек. В 1804 году за счёт выделения из Тобольской губернии нескольких уездов была образована новая Томская губерния. Теперь Томск получил статус губернского города, что сказалось и на его экономическом развитии, и на внешнем облике. В городе появилось больше каменных зданий, деревянные мостовые и тротуары. Правда, работа по благоустройству Томска полностью ложилась на простых жителей города, которые должны были доставлять строительные материалы, делать настилы, рыть канавы для стока воды.
Быстрый рост Томска начался с конца 30-х годов XIX века. В Томской и Енисейской губерниях открыли золотые прииски. С 1822 года томский гражданский губернатор одновременно был и главным начальником алтайских горных заводов, в самом Томске находилась Горная канцелярия. В городе появилось множество магазинов, гостиниц, роскошных особняков новых купцов-“миллионщиков”, начали работать небольшие промышленные предприятия. Возросли торговые обороты. Товары непрерывным потоком шли в Томск сухопутным и речным путями. Сюда везли кожевенные изделия из Москвы, Ярославля, Казани. Особенным спросом пользовался сафьян, который хорошо продавался на рынках Средней Азии и Китая. Широкий сбыт находило в Томске сермяжное сукно, топоры, ножи, замки, ножницы, котлы и гвозди.
В конце XIX века Томск продолжал сохранять значение торгового центра Сибири. В Томской губернии в течение года проходило более 60 ярмарок, на которых сумма проданных товаров превышала 50 миллионов рублей в год. Рост торговли сказывался на развитии транспорта. При слабой промышленности особое место в Томске занимали ремесленники, представлявшие 35 различных видов промыслов, среди которых извозный стоял на первом месте. Быстро развивался речной транспорт. К концу столетия по рекам Западной Сибири ходило свыше 100 пароходов, большая часть которых принадлежала томским компаниям и купцам. Но развитие пароходства не могло удовлетворить запросов стремительно растущей торговли. В 1891 году российское правительство решает строить Сибирскую железную дорогу. В 1896 году в Томск протягивают железнодорожную ветку. В городе возникают железнодорожные мастерские, давшие начало развитию крупной промышленности.
К началу XX века в Томске насчитывалось 208 заводов и фабрик. Кроме традиционных кожевенных ,салотопенных, свечных, кирпичных предприятий, в городе организуются гильзовое, мебельное, конфетное производства. К тому времени в Томске проживало свыше 25 тысяч человек, было построено 13 тысяч зданий, из них 6 тысяч жилых домов. В городе было электрическое освещение, трамваи, телефонная сеть. Будучи торгово-промышленным центром, Томск опередил все прочие города Ссибири. Его значение центрального склада крупных русских сибирских фирм росло с каждым годом.
Город приобрёл известность научного и культурного центра. В 1888 году в Томске открылся первый в Сибири университет, в 1900 году Технологический институт, высшее техническое учебное заведение, а затем Высшие женские курсы. В городе работали 59 гимназий, училищ, школ, три публичные библиотеки, театр, отделение Московского общества сельского хозяйства, городские общества садоводства, охоты, содействия физическому развитию детей, отдел Русского музыкального общества.
